1.有机肥料不但含有植物所需的大量营养元素和微量元素，而且还含有丰富的有机养分，如腐植酸、维生素、生长素、抗 生素和有机氮磷小分子化合物等。另外，有机肥的用量允许有很大的变化，一般不会损害农作物的生长。施用有机肥不但能在当季增加作物产量，而且在年后效果缓慢持久。
2.土壤微生物在有机质转化过程中起着重要作用是衡量土壤肥力水平的重要指标之一。例如，土壤中有机质的矿化过程、土壤中有机氮磷的有效性过程、豆科植物的生物固氮过程都与土壤微生物的作用有关。因此，施用有机肥一方面增加了土壤有益微生物的数量和数量，另一方面为土壤微生物活性提供了良好的环境条件，显著提高了土壤微生物活性。
3.保持和促进土壤养分平衡。植物从土壤中吸收的各种养分，可通过施用有机肥，以植物残体的形式返回土壤。回归的程度主要取决于各种有机肥源是否充分积累、合理施用和残留回收率。在农业生产中，只 有抓住这平衡环节，才能使化肥配施条件下的土壤肥力螺旋上升。因此，施用有机肥是衡量土壤肥力的重要措施。
4.降低肥料投入成本。有机肥可就地施用，来源广，成本低。增加有机肥的施用量，不但可以提高土壤肥力，增加土壤养分，还可以提高化肥的利用率，并相应减少化肥用量，从而降低农业投入成本。有机肥料的上述特性和功能决定了其在现代可持续农业中具有不可替代的作用。
